Η Σύγκλητος του Πανεπιστημίου Μακεδονίας, στην έκτακτη συνεδρίαση της 29ης Σεπτεμβρίου 2016, κατέληξε σε ομόφωνο ψήφισμα, αναφορικά με το υπό διαβούλευση νομοσχέδιο του Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων για τα προγράμματα, το οποίο συνοψίζεται στα εξής βασικά σημεία:

το νομοσχέδιο πλήττει βάναυσα το συνταγματικά κατοχυρωμένο αυτοδιοίκητο των ΑΕΙ και η εφαρμογή του θα προκαλέσει την αδυναμία λειτουργίας πολλών εκ των υφιστάμενων μεταπτυχιακών προγραμμάτων των ΑΕΙ.